청소년수련관 자치기구는 청소년활동을 활성화하고 청소년의 참여를 보장하기 위한 청소년운영위원회 ‘한울’, 청소년 주도의 지역사회 봉사 및 나눔 활동을 실천하는 청소년자원봉사단 ‘누리보듬’, 홍보‧기획 활동을 통해 진로 역량을 개발하는 대학생기획단 ‘존재감’, 청소년활동을 지원하는 성인자원봉사단 ‘벼리보듬’, 청소년 및 지역사회를 위한 교육활동을 수행하는 ‘미래교육활동가’ 등이 있으며 청소년들이 관심 분야에서 자유롭게 활동할 수 있는 청소년동아리를 연중 운영하고 있다.

자치기구 및 청소년동아리로 활동하면 위촉장과 활동 확인서가 발급되며 역량 개발을 위한 교육, 청소년 프로그램 참여 우선권, 청소년수련관 내 공간·장비 활용 및 활동 지원, 자원봉사 시간 부여(수련관 주관행사 자원봉사 시) 등 다양한 혜택이 제공된다.